Program
15th Brazilian Symposium on Bioinformatics – BSB 2022
September, 21-23
Atlantico Buzios Convention & Resort, Armação dos Búzios – RJ
DAY 1 – SEPTEMBER 21
• 10:00 – 13:00
Minicurso 1: Bancos de dados biológicos
Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva, Ph.D.
Professor no IFG, assistente de pesquisa na Fiocruz, e atualmente, chefe da Divisão de Dados e Inovação da Imprensa Nacional, atua nas áreas de bioinformática, gestão e ciência de dados.
O volume e variedade de dados biológicos oriundos de sequenciamento de alto desempenho têm aumentado significativamente. Esses dados são conhecidos como ômicos, palavra que representa o conjunto de dados genômicos, transcritômicos, proteômicos e epigenômicos, entre outros. A Biologia Molecular e os bancos de dados têm mantido um estreito e cooperativo relacionamento, o qual tem possibilitado diversos avanços científicos. Este curso oferece uma visão geral sobre como os bancos de dados biológicos se organizam.
Também mostra como buscar dados nesses bancos tanto usando interfaces Web como APIs.
Os bancos de dados abordados incluem bancos de sequências biológicas, como genomas, bancos de estruturas de proteínas, de interação entre proteínas e bancos de dados de metabolismo.
Pré-requisitos: Conhecimento básico em Biologia e uso de computadores
Desejável para máximo aproveitamento: Python básico
• 13:00 – 14:30
Lunch
• 14:30 – 16:00
Technical Session 1: Apresentações orais dos artigos aceitos.
Chair: Dr. Diogo Tschoeke
BDDBlast A Memory Efficient Architecture for Pairwise Alignments
Demian Oliveira, Alessandra Faria-Campos, Sergio Campos
Study on the complexity of omics data: an analysis for cancer survival prediction
Carlos Daniel Andrade, Thomas Fontanari, Mariana Recamonde-Mendoza
Identifying large scale conformational changes in proteins through distance maps and convolutional networks
Lucas Moraes dos Santos, Raquel de Melo-Minardi
Cluster analysis indicates genes involved in progesterone-induced oxidative stress in pancreatic beta cells: insights to understanding gestational diabetes
Lara Santos, Patricia Oliveira
A non Exhaustive search of Exhaustiveness
Letícia Cecotti, Mauricio Balboni, Oscar Arrua, Karina dos Santos Machado, Adriano Werhli
• 16:00 – 17:00
Keynote 1 – Peter F. Stadler (University of Leipzig)
Title: Incongruent Evolution of Sequence and Structure in RNA and Proteins
Chair: Prof. Maria Emília Machado Telles Walter
• 17:00 – 18:00
Break & Poster Session
• 18:00 – 19:30
Technical Session 2: Apresentações orais dos artigos aceitos.
Chair: Dr. Marcelo Reis
Comparison of machine learning pipelines for gene expression matrices
Mateus Devino, Kele Belloze, Eduardo Bezerra
How bioinformatics can aid biodiversity description: the case of a probable new species of Orthonychiurus (Collembola, Hexapoda)
Maithe Magalhaes, Marilia Alves Figueira Melo, Gabriel Costa Queiroz, Aline dos Santos Moreira, Wim Degrave, Thiago Parente
Computational methodology for discovery of potential inhibitory peptides
Vivian Paixão, Raquel de Melo-Minardi
Evaluating Machine Learning Models for Essential Protein Identification
Jéssica Costa, Jorge Gabriel Rodrigues, Kele Belloze
In silico analysis of the genomic potential for the production of specialized metabolites of ten strains of the Bacillales order isolated from the soil of the Federal District, Brazil
Felipe de Araújo Mesquita, Waldeyr Silva, Marlene Teixeira De-Souza
Water pollution shifts the soil and fish gut microbiomes increasing the circulation of antibiotic resistance genes in the environment
Maithe Magalhaes, Marilia Alves Figueira Melo, Aline dos Santos Moreira, Wim Degrave, Thiago Parente
An External Memory Approach for Large Genome De Novo Assembly
Elvismary Molina de Armas, Sergio Lifschitz
• 20:00 – 20:30
Opening: Kele Belloze (organizadora); Raquel Minardi e Nicole Scherer (chairs); Daniel Cardoso, Marcelo Reis e Waldeyr Mendes (CEBioComp); e representante institucional da SBC
DAY 2 – SEPTEMBER 22
• 10:00 – 13:00
Minicurso 2: Introdução ao Aprendizado de Máquina para Bioinformática
Marcelo S. Reis, Ph.D.
Professor no Instituto de Computação da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Há mais de duas décadas atuando como pesquisador em Bioinformática, ele utiliza técnicas de Aprendizado de Máquina no estudo de sistemas biológicos, em particular em sinalização celular no contexto da biologia do câncer.
O crescente volume e variedade de dados experimentais produzidos exige o uso de ferramentas que permitam a extração de padrões de forma a tornar factível a exploração desses dados e, principalmente, a elucidação de hipóteses biológicas. Nesse sentido, o Aprendizado de Máquina é um campo da Ciência da Computação que oferece algoritmos que “aprendem” com os dados, de forma a permitir a visualização de regularidades nos mesmos ou então a construção de modelos preditivos. Neste minicurso faremos uma introdução ao Aprendizado de Máquina, apresentando um breve histórico dessa área e os principais paradigmas e modelos de aprendizado. Ilustrações de diversos conceitos serão desenvolvidas de forma prática, com exemplos em Bioinformática implementados em Python utilizando as bibliotecas Sklearn e/ou Tensorflow.
Pré-requisitos: Conhecimento básico em Python
• 13:00 – 14:30
Lunch
• 14:30 – 15:30
Keynote 2 – Yaser Hashem (Institut Européen De Chimie Et Biologie, França)
Title: Structural snapshots of the cytosolic and mitochondrial mRNA translation machineries in kinetoplastids
Chair: Prof. Raquel Minardi
• 15:30 – 17:00
Technical Session 3: Apresentações orais dos artigos aceitos.
Chair: Dr. Natasha Andressa Nogueira Jorge
Accuracy of RNA Structure Prediction Depends on the Pseudoknot Grammar
Dustyn Eggers, Christian Höner zu Siederdissen, Peter Stadler
Search for Zinc complexes with high affinity in Pyrazinamidase from Mycobacterium Tuberculosis resistant to Pyrazinamide
Jesus Alvarado-Huayhuaz, Daniel Alonso Talaverano Rojas, Reneé Isabel Huamán Quispe, Mauricio Balboni, Oscar Arrua, Adriano Werhli, Karina dos Santos Machado, Ana Cecilia Valderrama Negrón
Phylogeny trees as a tool to compare inference algorithms of orthologs genes
Rafael Oliveira, Saul Leite, Fernanda Almeida
A 1.375-Approximation Algorithm for Sorting by Transpositions with Faster Running Time
Alexsandro Alexandrino, Klairton de Lima Brito, Andre Oliveira, Ulisses Dias, Zanoni Dias
Cancer gene graphs on interactive scientific workflow
Diogo Vieira, Elvismary Molina de Armas, Cristovao Lanna, Mariana Boroni, Sergio Lifschitz, Alexandre Heine
• 17:00 – 18:00
Break & Poster Session
• 18:00 – 19:00
Keynote 3 – Sergio Lifschitz (PUC-Rio): Palestra homenageado nacional
Title: A database research perspective of bioinformatics
Chair: Prof. Waldeyr Mendes
• 19:00 – 20:00
Steering Meeting (Reunião da Comissão Especial de Biologia Computacional (CEBioComp)
DAY 3 – SEPTEMBER 23
• 09:00 – 11:00
Minicurso 3: Montagem de genomas
Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva, Ph.D.
Professor no IFG, assistente de pesquisa na Fiocruz, e atualmente, chefe da Divisão de Dados e Inovação da Imprensa Nacional, atua nas áreas de bioinformática, gestão e ciência de dados.
A montagem de um genoma consiste em agrupar corretamente os fragmentos sequenciados de um genoma com vistas a representar no todo ou em parte o genoma original. Neste curso, veremos os conceitos básicos e uma abordagem prática de montagem de genoma de uma variante brasileira do Sars-Cov-2, comparando-a com a variante original de Wuhan.
Pré-requisitos: Conhecimento básico em Biologia e uso de computadores
Desejável para máximo aproveitamento: Linux e Python básico
• 11:00 – 12:00
Panel: 20 years of WOB/BSB – Andre Ponce Leon de Carvalho (USP-São Carlos), Daniel de Oliveira (UFF), João Setúbal (USP), Maria Emília Machado (UnB), Sergio Lifschitz (Puc-Rio)
Chair: Dr. Nicole Scherer
• 12:00 – 13:00
Awards + Closing – Premiação dos melhores trabalhos e Fechamento do BSB2022
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