{"id":293,"date":"2022-05-11T16:33:52","date_gmt":"2022-05-11T16:33:52","guid":{"rendered":"https:\/\/bsb.sbc.org.br\/2022\/?page_id=293"},"modified":"2022-09-19T20:58:20","modified_gmt":"2022-09-19T20:58:20","slug":"program","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bsb.sbc.org.br\/2022\/program\/","title":{"rendered":"Program"},"content":{"rendered":"\n

Program<\/h2>\n\n\n\n

15th Brazilian Symposium on Bioinformatics \u2013 BSB 2022
<\/strong>September, 21-23
Atlantico Buzios Convention & Resort, Arma\u00e7\u00e3o dos B\u00fazios – RJ<\/p>\n\n\n\n

\n
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\"\"<\/figure><\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n\n\n\n

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DAY 1 – SEPTEMBER 21<\/mark><\/mark><\/strong><\/h3>\n\n\n\n
\u2022 10:00 – 13:00<\/strong><\/mark><\/h5>\n\n\n\n

Minicurso 1: Bancos de dados biol\u00f3gicos<\/mark><\/mark><\/strong><\/p>\n\n\n\n

Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva, Ph.D.<\/strong>
Professor no IFG, assistente de pesquisa na Fiocruz, e atualmente, chefe da Divis\u00e3o de Dados e Inova\u00e7\u00e3o da Imprensa Nacional, atua nas \u00e1reas de bioinform\u00e1tica, gest\u00e3o e ci\u00eancia de dados.<\/p>\n\n\n\n

O volume e variedade de dados biol\u00f3gicos oriundos de sequenciamento de alto desempenho t\u00eam aumentado significativamente. Esses dados s\u00e3o conhecidos como \u00f4micos, palavra que representa o conjunto de dados gen\u00f4micos, transcrit\u00f4micos, prote\u00f4micos e epigen\u00f4micos, entre outros. A Biologia Molecular e os bancos de dados t\u00eam mantido um estreito e cooperativo relacionamento, o qual tem possibilitado diversos avan\u00e7os cient\u00edficos. Este curso oferece uma vis\u00e3o geral sobre como os bancos de dados biol\u00f3gicos se organizam.
Tamb\u00e9m mostra como buscar dados nesses bancos tanto usando interfaces Web como APIs.
Os bancos de dados abordados incluem bancos de sequ\u00eancias biol\u00f3gicas, como genomas, bancos de estruturas de prote\u00ednas, de intera\u00e7\u00e3o entre prote\u00ednas e bancos de dados de metabolismo.<\/p>\n\n\n\n

Pr\u00e9-requisitos:<\/strong> Conhecimento b\u00e1sico em Biologia e uso de computadores<\/p>\n\n\n\n

Desej\u00e1vel para m\u00e1ximo aproveitamento:<\/strong> Python b\u00e1sico<\/p>\n\n\n\n

\u2022 13:00 – 14:30<\/strong><\/mark><\/h5>\n\n\n\n

Lunch<\/p>\n\n\n\n

\u2022 14:30 – 16:00<\/strong><\/mark><\/h5>\n\n\n\n

Technical Session 1:<\/strong> Apresenta\u00e7\u00f5es orais dos artigos aceitos.
Chair: Dr. Diogo Tschoeke<\/p>\n\n\n\n

BDDBlast A Memory Efficient Architecture for Pairwise Alignments
<\/strong>Demian Oliveira, Alessandra Faria-Campos, Sergio Campos<\/p>\n\n\n\n

Study on the complexity of omics data: an analysis for cancer survival prediction
<\/strong>Carlos Daniel Andrade, Thomas Fontanari, Mariana Recamonde-Mendoza<\/p>\n\n\n\n

Identifying large scale conformational changes in proteins through distance maps and convolutional networks
<\/strong>Lucas Moraes dos Santos, Raquel de Melo-Minardi<\/p>\n\n\n\n

Cluster analysis indicates genes involved in progesterone-induced oxidative stress in pancreatic beta cells: insights to understanding gestational diabetes
<\/strong>Lara Santos, Patricia Oliveira<\/p>\n\n\n\n

A non Exhaustive search of Exhaustiveness
<\/strong>Let\u00edcia Cecotti, Mauricio Balboni, Oscar Arrua, Karina dos Santos Machado, Adriano Werhli<\/p>\n\n\n\n

\u2022 16:00 – 17:00<\/strong><\/mark><\/h5>\n\n\n\n

Keynote 1<\/strong> – Peter F. Stadler (University of Leipzig)<\/a><\/p>\n\n\n\n

Title: Incongruent Evolution of Sequence and Structure in RNA and Proteins<\/p>\n\n\n\n

Chair: Prof. Maria Em\u00edlia Machado Telles Walter<\/p>\n\n\n\n

\u2022 17:00 – 18:00<\/strong><\/mark><\/h5>\n\n\n\n

Break & Poster Session<\/p>\n\n\n\n

\u2022 18:00 – 19:30<\/strong><\/mark><\/h5>\n\n\n\n

Technical Session 2: <\/strong>Apresenta\u00e7\u00f5es orais dos artigos aceitos.
Chair: Dr. Marcelo Reis<\/p>\n\n\n\n

Comparison of machine learning pipelines for gene expression matrices
<\/strong>Mateus Devino, Kele Belloze, Eduardo Bezerra<\/p>\n\n\n\n

How bioinformatics can aid biodiversity description: the case of a probable new species of Orthonychiurus<\/em> (Collembola, Hexapoda)
<\/strong>Maithe Magalhaes, Marilia Alves Figueira Melo, Gabriel Costa Queiroz, Aline dos Santos Moreira, Wim Degrave, Thiago Parente<\/p>\n\n\n\n

Computational methodology for discovery of potential inhibitory peptides
<\/strong>Vivian Paix\u00e3o, Raquel de Melo-Minardi<\/p>\n\n\n\n

Evaluating Machine Learning Models for Essential Protein Identification
<\/strong>J\u00e9ssica Costa, Jorge Gabriel Rodrigues, Kele Belloze<\/p>\n\n\n\n

In silico<\/em> analysis of the genomic potential for the production of specialized metabolites of ten strains of the Bacillales<\/em> order isolated from the soil of the Federal District, Brazil
<\/strong>Felipe de Ara\u00fajo Mesquita, Waldeyr Silva, Marlene Teixeira De-Souza<\/p>\n\n\n\n

Water pollution shifts the soil and fish gut microbiomes increasing the circulation of antibiotic resistance genes in the environment
<\/strong>Maithe Magalhaes, Marilia Alves Figueira Melo, Aline dos Santos Moreira, Wim Degrave, Thiago Parente<\/p>\n\n\n\n

An External Memory Approach for Large Genome De Novo Assembly
<\/strong>Elvismary Molina de Armas, Sergio Lifschitz<\/p>\n\n\n\n

\u2022 20:<\/strong>00 – 20:30<\/mark><\/h5>\n\n\n\n

Opening: Kele Belloze (organizadora); Raquel Minardi e Nicole Scherer (chairs); Daniel Cardoso, Marcelo Reis e Waldeyr Mendes (CEBioComp); e representante institucional da SBC<\/p>\n\n\n\n


<\/h2>\n\n\n\n

DAY 2 – SEPTEMBER 22<\/mark><\/mark><\/strong><\/mark><\/strong><\/h3>\n\n\n\n
\u2022 10:00 – 13:00<\/strong><\/mark><\/h5>\n\n\n\n
Minicurso 2: Introdu\u00e7\u00e3o ao Aprendizado de M\u00e1quina para Bioinform\u00e1tica<\/mark><\/mark><\/strong><\/h5>\n\n\n\n

Marcelo S. Reis, Ph.D.<\/strong>
Professor no Instituto de Computa\u00e7\u00e3o da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). H\u00e1 mais de duas d\u00e9cadas atuando como pesquisador em Bioinform\u00e1tica, ele utiliza t\u00e9cnicas de Aprendizado de M\u00e1quina no estudo de sistemas biol\u00f3gicos, em particular em sinaliza\u00e7\u00e3o celular no contexto da biologia do c\u00e2ncer.<\/p>\n\n\n\n

O crescente volume e variedade de dados experimentais produzidos exige o uso de ferramentas que permitam a extra\u00e7\u00e3o de padr\u00f5es de forma a tornar fact\u00edvel a explora\u00e7\u00e3o desses dados e, principalmente, a elucida\u00e7\u00e3o de hip\u00f3teses biol\u00f3gicas. Nesse sentido, o Aprendizado de M\u00e1quina \u00e9 um campo da Ci\u00eancia da Computa\u00e7\u00e3o que oferece algoritmos que \u201caprendem\u201d com os dados, de forma a permitir a visualiza\u00e7\u00e3o de regularidades nos mesmos ou ent\u00e3o a constru\u00e7\u00e3o de modelos preditivos. Neste minicurso faremos uma introdu\u00e7\u00e3o ao Aprendizado de M\u00e1quina, apresentando um breve hist\u00f3rico dessa \u00e1rea e os principais paradigmas e modelos de aprendizado. Ilustra\u00e7\u00f5es de diversos conceitos ser\u00e3o desenvolvidas de forma pr\u00e1tica, com exemplos em Bioinform\u00e1tica implementados em Python utilizando as bibliotecas Sklearn e\/ou Tensorflow.<\/p>\n\n\n\n

Pr\u00e9-requisitos: <\/strong>Conhecimento b\u00e1sico em Python<\/p>\n\n\n\n

\u2022 13:00 – 14:30<\/strong><\/mark><\/h5>\n\n\n\n

Lunch<\/p>\n\n\n\n

\u2022 14:30 – 15:30<\/strong><\/mark><\/h5>\n\n\n\n

Keynote 2 – <\/strong>Yaser Hashem (Institut Europ\u00e9en De Chimie Et Biologie, Fran\u00e7a)<\/a><\/p>\n\n\n\n

Title: Structural snapshots of the cytosolic and mitochondrial mRNA translation machineries in kinetoplastids<\/p>\n\n\n\n

Chair: Prof. Raquel Minardi<\/p>\n\n\n\n

\u2022 15:30 – 17:00<\/strong><\/mark><\/h5>\n\n\n\n

Technical Session 3<\/strong>: Apresenta\u00e7\u00f5es orais dos artigos aceitos.
Chair: Dr. Natasha Andressa Nogueira Jorge<\/p>\n\n\n\n

Accuracy of RNA Structure Prediction Depends on the Pseudoknot Grammar
<\/strong>Dustyn Eggers, Christian H\u00f6ner zu Siederdissen, Peter Stadler<\/p>\n\n\n\n

Search for Zinc complexes with high affinity in Pyrazinamidase from Mycobacterium Tuberculosis<\/em> resistant to Pyrazinamide
<\/strong>Jesus Alvarado-Huayhuaz, Daniel Alonso Talaverano Rojas, Rene\u00e9 Isabel Huam\u00e1n Quispe, Mauricio Balboni, Oscar Arrua, Adriano Werhli, Karina dos Santos Machado, Ana Cecilia Valderrama Negr\u00f3n<\/p>\n\n\n\n

Phylogeny trees as a tool to compare inference algorithms of orthologs genes
<\/strong>Rafael Oliveira, Saul Leite, Fernanda Almeida<\/p>\n\n\n\n

A 1.375-Approximation Algorithm for Sorting by Transpositions with Faster Running Time
<\/strong>Alexsandro Alexandrino, Klairton de Lima Brito, Andre Oliveira, Ulisses Dias, Zanoni Dias<\/p>\n\n\n\n

Cancer gene graphs on interactive scientific workflow
<\/strong>Diogo Vieira, Elvismary Molina de Armas, Cristovao Lanna, Mariana Boroni, Sergio Lifschitz, Alexandre Heine<\/p>\n\n\n\n

\u2022 17:00 – 18:00<\/strong><\/mark><\/h5>\n\n\n\n

Break & Poster Session<\/p>\n\n\n\n

\u2022 18:00 – 19:00<\/strong><\/mark><\/h5>\n\n\n\n

Keynote 3 – <\/strong>Sergio Lifschitz (PUC-Rio): Palestra homenageado nacional<\/a><\/p>\n\n\n\n

Title: A database research perspective of bioinformatics<\/p>\n\n\n\n

Chair: Prof. Waldeyr Mendes<\/p>\n\n\n\n

\u2022 19:00 – 20:<\/strong>00<\/mark><\/h5>\n\n\n\n

Steering Meeting (Reuni\u00e3o da Comiss\u00e3o Especial de Biologia Computacional (CEBioComp)<\/p>\n\n\n\n

<\/p>\n\n\n\n


<\/h2>\n\n\n\n

DAY 3 – SEPTEMBER 23<\/mark><\/mark><\/strong><\/mark><\/h2>\n\n\n\n
\u2022 09:00 – 11:00<\/strong><\/mark><\/h5>\n\n\n\n
Minicurso 3: Montagem de genomas<\/mark><\/mark><\/strong><\/h5>\n\n\n\n

Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva, Ph.D.
<\/strong>Professor no IFG, assistente de pesquisa na Fiocruz, e atualmente, chefe da Divis\u00e3o de Dados e Inova\u00e7\u00e3o da Imprensa Nacional, atua nas \u00e1reas de bioinform\u00e1tica, gest\u00e3o e ci\u00eancia de dados.<\/p>\n\n\n\n

A montagem de um genoma consiste em agrupar corretamente os fragmentos sequenciados de um genoma com vistas a representar no todo ou em parte o genoma original. Neste curso, veremos os conceitos b\u00e1sicos e uma abordagem pr\u00e1tica de montagem de genoma de uma variante brasileira do Sars-Cov-2, comparando-a com a variante original de Wuhan.<\/p>\n\n\n\n

Pr\u00e9-requisitos:<\/strong> Conhecimento b\u00e1sico em Biologia e uso de computadores<\/p>\n\n\n\n

Desej\u00e1vel para m\u00e1ximo aproveitamento:<\/strong> Linux e Python b\u00e1sico<\/p>\n\n\n\n

\u2022 11:00 – 12:00<\/strong><\/mark><\/h5>\n\n\n\n

Panel: 20 years of WOB\/BSB \u2013 Andre Ponce Leon de Carvalho (USP-S\u00e3o Carlos), Daniel de Oliveira (UFF), Jo\u00e3o Set\u00fabal (USP), Maria Em\u00edlia Machado (UnB), Sergio Lifschitz (Puc-Rio)<\/a><\/p>\n\n\n\n

Chair: Dr. Nicole Scherer<\/p>\n\n\n\n

\u2022 12:00 – 13:00<\/strong><\/mark><\/h5>\n\n\n\n

Awards + Closing \u2013 Premia\u00e7\u00e3o dos melhores trabalhos e Fechamento do BSB2022<\/p>\n\n\n\n

—<\/p>\n\n\n\n

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