Program

15th Brazilian Symposium on Bioinformatics – BSB 2022
September, 21-23
Atlantico Buzios Convention & Resort, Armação dos Búzios – RJ

DAY 1 – SEPTEMBER 21

10:00 – 13:00

Minicurso 1: Bancos de dados biológicos

Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva, Ph.D.
Professor no IFG, assistente de pesquisa na Fiocruz, e atualmente, chefe da Divisão de Dados e Inovação da Imprensa Nacional, atua nas áreas de bioinformática, gestão e ciência de dados.

O volume e variedade de dados biológicos oriundos de sequenciamento de alto desempenho têm aumentado significativamente. Esses dados são conhecidos como ômicos, palavra que representa o conjunto de dados genômicos, transcritômicos, proteômicos e epigenômicos, entre outros. A Biologia Molecular e os bancos de dados têm mantido um estreito e cooperativo relacionamento, o qual tem possibilitado diversos avanços científicos. Este curso oferece uma visão geral sobre como os bancos de dados biológicos se organizam.
Também mostra como buscar dados nesses bancos tanto usando interfaces Web como APIs.
Os bancos de dados abordados incluem bancos de sequências biológicas, como genomas, bancos de estruturas de proteínas, de interação entre proteínas e bancos de dados de metabolismo.

Pré-requisitos: Conhecimento básico em Biologia e uso de computadores

Desejável para máximo aproveitamento: Python básico

13:00 – 14:30

Lunch

14:30 – 16:00

Technical Session 1: Apresentações orais dos artigos aceitos.
Chair: Dr. Diogo Tschoeke

BDDBlast A Memory Efficient Architecture for Pairwise Alignments
Demian Oliveira, Alessandra Faria-Campos, Sergio Campos

Study on the complexity of omics data: an analysis for cancer survival prediction
Carlos Daniel Andrade, Thomas Fontanari, Mariana Recamonde-Mendoza

Identifying large scale conformational changes in proteins through distance maps and convolutional networks
Lucas Moraes dos Santos, Raquel de Melo-Minardi

Cluster analysis indicates genes involved in progesterone-induced oxidative stress in pancreatic beta cells: insights to understanding gestational diabetes
Lara Santos, Patricia Oliveira

A non Exhaustive search of Exhaustiveness
Letícia Cecotti, Mauricio Balboni, Oscar Arrua, Karina dos Santos Machado, Adriano Werhli

16:00 – 17:00

Keynote 1Peter F. Stadler (University of Leipzig)

Title: Incongruent Evolution of Sequence and Structure in RNA and Proteins

Chair: Prof. Maria Emília Machado Telles Walter

17:00 – 18:00

Break & Poster Session

18:00 – 19:30

Technical Session 2: Apresentações orais dos artigos aceitos.
Chair: Dr. Marcelo Reis

Comparison of machine learning pipelines for gene expression matrices
Mateus Devino, Kele Belloze, Eduardo Bezerra

How bioinformatics can aid biodiversity description: the case of a probable new species of Orthonychiurus (Collembola, Hexapoda)
Maithe Magalhaes, Marilia Alves Figueira Melo, Gabriel Costa Queiroz, Aline dos Santos Moreira, Wim Degrave, Thiago Parente

Computational methodology for discovery of potential inhibitory peptides
Vivian Paixão, Raquel de Melo-Minardi

Evaluating Machine Learning Models for Essential Protein Identification
Jéssica Costa, Jorge Gabriel Rodrigues, Kele Belloze

In silico analysis of the genomic potential for the production of specialized metabolites of ten strains of the Bacillales order isolated from the soil of the Federal District, Brazil
Felipe de Araújo Mesquita, Waldeyr Silva, Marlene Teixeira De-Souza

Water pollution shifts the soil and fish gut microbiomes increasing the circulation of antibiotic resistance genes in the environment
Maithe Magalhaes, Marilia Alves Figueira Melo, Aline dos Santos Moreira, Wim Degrave, Thiago Parente

An External Memory Approach for Large Genome De Novo Assembly
Elvismary Molina de Armas, Sergio Lifschitz

20:00 – 20:30

Opening: Kele Belloze (organizadora); Raquel Minardi e Nicole Scherer (chairs); Daniel Cardoso, Marcelo Reis e Waldeyr Mendes (CEBioComp); e representante institucional da SBC


DAY 2 – SEPTEMBER 22

10:00 – 13:00
Minicurso 2: Introdução ao Aprendizado de Máquina para Bioinformática

Marcelo S. Reis, Ph.D.
Professor no Instituto de Computação da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Há mais de duas décadas atuando como pesquisador em Bioinformática, ele utiliza técnicas de Aprendizado de Máquina no estudo de sistemas biológicos, em particular em sinalização celular no contexto da biologia do câncer.

O crescente volume e variedade de dados experimentais produzidos exige o uso de ferramentas que permitam a extração de padrões de forma a tornar factível a exploração desses dados e, principalmente, a elucidação de hipóteses biológicas. Nesse sentido, o Aprendizado de Máquina é um campo da Ciência da Computação que oferece algoritmos que “aprendem” com os dados, de forma a permitir a visualização de regularidades nos mesmos ou então a construção de modelos preditivos. Neste minicurso faremos uma introdução ao Aprendizado de Máquina, apresentando um breve histórico dessa área e os principais paradigmas e modelos de aprendizado. Ilustrações de diversos conceitos serão desenvolvidas de forma prática, com exemplos em Bioinformática implementados em Python utilizando as bibliotecas Sklearn e/ou Tensorflow.

Pré-requisitos: Conhecimento básico em Python

13:00 – 14:30

Lunch

14:30 – 15:30

Keynote 2 – Yaser Hashem (Institut Européen De Chimie Et Biologie, França)

Title: Structural snapshots of the cytosolic and mitochondrial mRNA translation machineries in kinetoplastids

Chair: Prof. Raquel Minardi

15:30 – 17:00

Technical Session 3: Apresentações orais dos artigos aceitos.
Chair: Dr. Natasha Andressa Nogueira Jorge

Accuracy of RNA Structure Prediction Depends on the Pseudoknot Grammar
Dustyn Eggers, Christian Höner zu Siederdissen, Peter Stadler

Search for Zinc complexes with high affinity in Pyrazinamidase from Mycobacterium Tuberculosis resistant to Pyrazinamide
Jesus Alvarado-Huayhuaz, Daniel Alonso Talaverano Rojas, Reneé Isabel Huamán Quispe, Mauricio Balboni, Oscar Arrua, Adriano Werhli, Karina dos Santos Machado, Ana Cecilia Valderrama Negrón

Phylogeny trees as a tool to compare inference algorithms of orthologs genes
Rafael Oliveira, Saul Leite, Fernanda Almeida

A 1.375-Approximation Algorithm for Sorting by Transpositions with Faster Running Time
Alexsandro Alexandrino, Klairton de Lima Brito, Andre Oliveira, Ulisses Dias, Zanoni Dias

Cancer gene graphs on interactive scientific workflow
Diogo Vieira, Elvismary Molina de Armas, Cristovao Lanna, Mariana Boroni, Sergio Lifschitz, Alexandre Heine

17:00 – 18:00

Break & Poster Session

18:00 – 19:00

Keynote 3 – Sergio Lifschitz (PUC-Rio): Palestra homenageado nacional

Title: A database research perspective of bioinformatics

Chair: Prof. Waldeyr Mendes

19:00 – 20:00

Steering Meeting (Reunião da Comissão Especial de Biologia Computacional (CEBioComp)


DAY 3 – SEPTEMBER 23

09:00 – 11:00
Minicurso 3: Montagem de genomas

Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva, Ph.D.
Professor no IFG, assistente de pesquisa na Fiocruz, e atualmente, chefe da Divisão de Dados e Inovação da Imprensa Nacional, atua nas áreas de bioinformática, gestão e ciência de dados.

A montagem de um genoma consiste em agrupar corretamente os fragmentos sequenciados de um genoma com vistas a representar no todo ou em parte o genoma original. Neste curso, veremos os conceitos básicos e uma abordagem prática de montagem de genoma de uma variante brasileira do Sars-Cov-2, comparando-a com a variante original de Wuhan.

Pré-requisitos: Conhecimento básico em Biologia e uso de computadores

Desejável para máximo aproveitamento: Linux e Python básico

11:00 – 12:00

Panel: 20 years of WOB/BSB – Andre Ponce Leon de Carvalho (USP-São Carlos), Daniel de Oliveira (UFF), João Setúbal (USP), Maria Emília Machado (UnB), Sergio Lifschitz (Puc-Rio)

Chair: Dr. Nicole Scherer

12:00 – 13:00

Awards + Closing – Premiação dos melhores trabalhos e Fechamento do BSB2022